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小智和皮卡丘，以及他們的朋友艾莉絲和天桐，正搭乘火車前往旅程的下一個地點。小智在火車上發現了一隻從未見過的寶可夢受傷了。他試圖從傳說的龍寶可夢酋雷姆的攻擊中拯救這隻寶可夢。小智和其他人幾乎無法擺脫酋雷姆狂暴的攻擊，隨著塵埃落定，他們把注意力轉向受傷的寶可夢。他們的新朋友竟然是幻之寶可夢凱路迪歐，他的任務是拯救他的朋友勾帕路翁、代拉基翁和畢力吉翁脫離酋雷姆的掌握。這幾隻寶可夢是被稱為聖劍士的傳說寶可夢。 但是酋雷姆的肆虐還沒有結束，他正從萊希拉姆和捷克羅姆汲取力量，變成焰白酋雷姆或闇黑酋雷姆，使其攻擊更加強大！為什麼酋雷姆以如此無情的憤怒攻擊小智和他的朋友？他們將如何克服危機？ 為了保護朋友，為了發現真正的力量和純正的勇氣，為了保持與小智及其夥伴的羈絆，凱路迪歐隱藏的力量覺醒了。