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當大麻煩威脅到大城市時，小智、皮卡丘和他們的朋友就要阻止它！ 喧囂的大城市似乎是五隻巨大的寶可夢蓋諾賽克特一個完美的新家園。這些幻之寶可夢的到來很快成為一個問題，他們的巢穴威脅著城市的電力供應，並且不斷的攻擊任何接近他的人。最重要的是，他們引起了傳說的寶可夢超夢的注意。超夢同情他們，因為他們的基因也遭到人為的篡改。這群蓋諾賽克特的領導者，被稱為赤紅蓋諾賽克特，並不相信超夢，他們的對決迅速失控！小智和朋友們可以在城市被摧毀之前阻止這兩個強大的寶可夢嗎？