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小智和他的朋友們旅程來到橙子群島，但即使這個看起來安靜的島嶼，散佈在關都地區偏遠南部的水域，也有其神秘、冒險和傳說的寶可夢！吉爾露太當然知道這一點，所以他現在在不同島嶼間旅行，捕獵三隻傳說的鳥類，火焰鳥、急凍鳥、閃電鳥。但是，即使擁有這三隻鳥的力量，充其量也只是最大獎的墊腳石，這個最大獎就是海之守護者洛奇亞！ 當然當小智抵達目的地時，他完全不知道這件事。島民對他也有很大但不險惡的計畫，他們希望小智參加一個儀式，收集來自不同島嶼的三個元素球。當世界各地的天氣失控時，這個任務變得更加重要，因為捕獵傳說中的鳥類已經使環境失去了平衡。在洛奇亞的幫助下，小智可以成為眾望所歸的「被選中的人」嗎？