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總有人想控制和捕獵稀有的寶可夢，有些人會保護這些特殊的寶可夢免受邪惡勢力的攻擊。四十年前，當時拉比正在逃離一個惡毒的獵人時，發生了一件事，一位名叫雪成的年輕訓練家前來救援。他們消失了，從此成為市民講述的另一個奇妙的傳說。 在現代，小智和朋友們到了森林裡，雪成和時拉比的事蹟原本只被當成一個故事，但在那個傳說中的男孩和寶可夢再次出現時，他們發現了真相！雖然兩人都從四十年前的悲慘經歷中恢復，但情況並沒有好轉，仍然有人想捕獵時拉比！敵人叫做比夏斯，而他的計劃可能是最殘酷的。他裝備了黑暗球，能使任何被捕獵到的寶可夢變得順從以及邪惡。小智、雪成、小霞和小剛能否承受被洗腦的時拉比之力，並將其恢復到真正的自我呢？